Physionet, Resource Penyedia Sinyal Biomedik

Anda ingin melakukan penelitian di bidang teknik biomedik tapi tidak mempunyai data atau sinyal biomedik? Jangan khawatir. Ada sebuah situs, yaitu Physionet, yang menyediakan berbagai rekaman sinyal biomedik dalam bentuk data digital yang dapat Anda download secara gratis.

PhysioNet  adalah sebuah situs sumber daya (Resource) yang bermanfaat bagi penelitian dan pendidikan. Setidaknya ada tiga hal yang ditawarkan oleh Physionet, yang ketiga-tiganya dapat diakses secara gratis, yaitu:

PhysioBank: menyediakan koleksi rekaman sinyal-sinyal fisiologis. PhysioBank merupakan arsip besar dan sedang berkembang yang berisi rekaman digital sinyal fisiologis, time series, dan data terkait untuk digunakan oleh komunitas riset biomedis.

PhysioBank saat ini mencakup lebih dari 50 koleksi cardiopulmonary, saraf, dan sinyal biomedis lainnya dari subyek sehat dan pasien dengan berbagai kondisi dengan implikasi yang besar pada kesehatan masyarakat, termasuk kematian jantung mendadak (sudden cardiac death – SCD), gagal jantung kongestif (congestive heart failure – CHF), epilepsi, gangguan gait, sleep apnea, dan penuaan. Koleksi ini termasuk data dari berbagai studi, yaitu yang dikembangkan dan disumbangkan oleh para anggota komunitas riset.

PhysioToolkit: menyediakan perangkat lunak open-source yang berkaitan dengan koleksi sinyal dalam PhysioBank. PhysioToolkit merupakan perpustakaan besar dan sedang berkembang, yang berisi perangkat lunak untuk pemrosesan dan analisis sinyal fisiologis, deteksi peristiwa fisiologis yang signifikan baik menggunakan teknik klasik maupun metode baru berdasarkan fisika statistik dan dinamika nonlinier, layar interaktif dan karakterisasi sinyal, pembuatan database baru, simulasi sinyal fisiologis dan sinyal lainnya, evaluasi kuantitatif dan perbandingan metode analisis, dan analisis proses nonequilibrium dan nonstasioner.

Sebuah tema pemersatu dari banyak proyek-proyek penelitian yang berkontribusi pada perangkat lunak untuk PhysioToolkit adalah ekstraksi informasi yang tersembunyi dalam sinyal biomedis, informasi yang mungkin memiliki nilai diagnostik atau prognostik dalam bidang kedokteran, atau sesuatu yang mempunyai kemampuan untuk memberikan penjelasan atau prediksi dalam penelitian dasar. Semua perangkat lunak PhysioToolkit tersedia dalam bentuk source di bawah GNU General Public License (GPL).

PhysioNetWork: menyediakan workspaces bagi anggota komunitas Physionet untuk mengerjakan proyek terbaru mereka, yang bila sudah selesai akan dibagikan secara gratis dalam PhysioBank dan PhysioToolkit.

PhysioNet tidak hanya digunakan sebagai nama Resource, tetapi sekaligus juga sebagai alamat situsnya, yaitu physionet.org. PhysioNet merupakan Resource dan mekanisme untuk penyebaran secara gratis dan terbuka, dan pertukaran rekaman sinyal biomedis dan perangkat lunak open-source untuk menganalisis sinyal tersebut, dengan menyediakan fasilitas untuk bekerja sama dalam analisis data, dan evaluasi algoritma baru yang diusulkan.

Selain menyediakan akses data gratis ke PhysioBank dan perangkat lunak ke PhysioToolkit, PhysioNet juga menawarkan layanan dan pelatihan melalui  tutorial on-line untuk membantu pengguna saat masuk dan tutorial untuk tingkat yang lebih tinggi (advanced levels). Dalam kerjasama dengan konferensi tahunan Computing in Cardiology, PhysioNet menyelenggarakan serangkaian tantangan, di mana para peneliti dan mahasiswa mengatasi masalah yang belum terpecahkan di bidang klinis atau ilmiah dasar dengan menggunakan data dan perangkat lunak yang disediakan oleh PhysioNet.

Perangkat lunak WAVE

Banyak bidang klinis praktis  dan penelitian saling berbagi sesuatu untuk digunakan bersama, misalnya mengenai visualisasi dan analisis sinyal fisiologis. Contoh sinyal fisiologis ini misalnya sinyal elektrokardiogram (EKG), respirasi, tekanan darah, elektroencefalogram (EEG), elektrookulograms (EOG), dan elektromyograms (EMG).  Sinyal tersebut biasanya dapat diperoleh selama prosedur klinis atau percobaan, untuk jangka waktu mulai dari beberapa detik sampai berjam-jam. Seringkali sinyal-sinyal ini harus dipantau dan dianalisis secara real time. Dalam kasus lain, sinyal dapat pula direkam untuk dianalisis nanti di waktu akan datang.

WAVE adalah sebuah program komputer yang membantu Anda (dokter atau peneliti), untuk menganalisis sinyal rekaman digital. Dengan menggunakan WAVE, Anda dapat melihat  bagian manapun dari sinyal yang Anda diinginkan, seolah-olah Anda sedang browsing melalui rekaman grafik. WAVE juga dapat mencetak kertas grafik rekaman  dari setiap bagian dari sinyal. Anda dapat membubuhi keterangan (label) semua fitur dari sinyal yang Anda pilih. Anda dapat memilih setiap subset dari sinyal, dan setiap interval waktu, untuk dianalisis oleh  Program eksternal di bawah kendali WAVE. Jika program analisis menghasilkan sinyal penjelasan (annotations), maka Anda dapat melihat dan memperbaikinya. Buku panduan penggunaan WAVE dan panduan lainnya yang terkait dapat Anda download melalui link di bawah ini.

WAVE  User Guide (WUG) (pdf)

WAVE Application Guide (WAG) (pdf)

WAVE  Programmer Guide (WPG) (pdf)

A Cardiovascular Simulator for Research User’s Manual and Software Guide (pdf)

Plotting Utility (plt) (pdf)

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

*

CAPTCHA Image

*

You may use these HTML tags and attributes: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <strike> <strong>